新型コロナの変異はもともと非常にそのスピードが早いものでしたが、現在のさまざまな状況からは、そのスピードはさらに早まると思われています。
さまざまな状況とは、つまり接種者の増加と自然の感染者の劇的な増加で、現在の欧米においては、過去最大の感染確認数の増大を見せていることは、以下の記事などでも取り上げています。
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投稿日：2021年12月28日
そのような中で、フランスの研究者たちが、従来の株よりもさらにスパイクタンパク質などに多彩な変異が見られる「新たな変異種」を検出したことを発表しています。
論文は以下にあります。
スパイクタンパク質に N501Y と E484K の両方の置換を含む、カメルーン起源と見られる新たな SARS-CoV-2 変異体の南フランスでの出現
Emergence in Southern France of a new SARS-CoV-2 variant of probably Cameroonian origin harbouring both substitutions N501Y and E484K in the spike protein
研究チームの予備分析では、この変異種は、
＞ 46の突然変異と 37の欠失が明らかになり、30のアミノ酸置換と 12の欠失が生じている。
と報告されています。
そのうち、スパイクタンパク質に「 14の置換と 9つの欠失がある」ことが見られているようで、つまり、感染と症状に重要な役割を持つスパイクタンパク質そのものに大きな変異が見られるとして、またも「新たな感染率と症状を示すかもしれないコロナ」が出たことになりそうです。
研究は予備分析の段階ですので、何ともいえないですが、現状では、従来のコロナ株より毒性が高い可能性があるようです。
このような新たな変異種は、今後も数多く出現すると思われ、今はオミクロン株が騒がれていますが、早い速度で次々と新しい株が主流に転じていくと見られます。
このフランスの研究を取り上げていた医学記事をご紹介します。
フランスの保健当局は、46の突然変異と 37の欠失を伴うカメルーンに由来すると推測される新しいSARS-CoV-2変異体の広がりを報告した
Southern France Reports Spread Of New SARS-CoV-2 Variant B.1.640.2 With 46 Mutations And 37 Deletions Originating From Cameroon
thailandmedical.news 2021/12/30
フランスの保健当局は、N501Y および E484K 変異を含む 46の変異と 37の欠失を有する新しい SARS-CoV-2 変異体 B.1.640.2 の蔓延を報告した。
論文発表の時点において、南フランスで中等度から重度の病気を示し入院を必要とする合計 67人の患者が、2021年11月下旬に最初に検出された新しい SARS-Cov-2 変異種 B.1.640.2 に感染していることが確認された。
専門家たちは、この経ない種によるさらに多くの症例が存在する可能性があると警告しているが、すべての入院患者がゲノム配列決定を行うわけではないため、医師や専門家たちはそれがデルタ変異体または亜変異体によるものであると推測する可能性がある。
当初、11月下旬から 12月上旬に、フランスのエクスマルセイユ大学の研究者などによって新しい亜種に感染したと特定されたのは 12人の患者だけだった。研究者たちは、この亜種はアフリカのカメルーンから戻ってきた旅行者たちに由来していると確信しているという。
研究チームの予備分析では、この新たな変異種は 46の突然変異と 37の欠失が明らかになり、30のアミノ酸置換と 12の欠失が生じていた。
重要なことは、N501Y と E484K を含む 14のアミノ酸置換、および 9つの欠失がスパイクタンパク質にあることだ。
この遺伝子型パターンにより、B.1.640.2 という名前の新しい系統が作成された。これは、B.1.640 系統の系統発生姉妹グループとなる。
スパイクタンパク質以外の構造タンパク質では、アミノ酸の変化には、ヌクレオカプシドタンパク質の 2つの置換と膜タンパク質の 1つの置換が含まれる。
非構造タンパク質では、アミノ酸の変化には、タンパク質 Nsp2、Nsp3、Nsp4、Nsp6、Nsp12（RNA依存性RNAポリメラーゼ）、およびNsp13（ヘリカーゼ）の 1つの置換が含まれる。Nsp14の2つの置換（3'-5 'エキソヌクレアーゼ）、Nsp8の4つの置換（Nsp7およびNsp12との複製複合体の一部）。そしてNsp6の3つの欠失がある。
最後に、調節タンパク質では、アミノ酸の変化には、ORF（オープンリーディングフレーム / タンパク質をコードするDNA配列）3aに 4つの置換、ORF9b に 1つの置換、ORF8 に 1つの置換が含まれている。さらに、ORF8 遺伝子のコドン27は、アルファ変異株と同様に終止コドンに変更されている。
この新たな変異種についての詳細な研究はまだ進行中であり、研究者たちは、この変異種は、従来の免疫とワクチン免疫を回避する可能性があり、デルタと同じ感染性と伝染性の可能性を持っていることに加えて、新しい変異体は、はるかに毒性が高く、高い重症度を持つ可能性があることを懸念している。
この変異株は、これまでに入院した患者にのみ確認されている。
この新しい亜種が今後支配的になるのか、あるいは、別の世界的な脅威になるのか、それともフランスだけでの流行で終わるのかを予測するのはまだ時期尚早だ。